A la fin du XIème siècle la lignée des Comtes du Vexin s’étant éteinte, les terres d’Auvers entrent dans le domaine royal de Philippe 1er

Origines du XIIème au XIIIème siècle
Dès le IXème siècle, il est mentionné qu’un lieu de culte a été bâti sur un promontoire dominant l’Oise, dont il resterait des vestiges enfouis.
De l’église primitive il ne subsiste que l’absidiole romane du XII qui se trouve au nord du chœur et chapiteaux ornés de scènes bibliques ….
1131 - Le roi Louis VI le Gros et la reine Adélaïde lèguent l’église d’Auvers à l’abbaye de Senlis. A cette époque le roi possède à Auvers une maison seigneuriale au nord de l’église.
1150 - Reconstruction du chœur
1170 - 1220 - Construction d’une absidiole au sud de la tour-clocher du chœur et du transept
1195 – Après avoir été administrés pendant un siècle par le diocèse de St Denis, Auvers et tout le Vexin, sont rattachés au diocèse de Rouen et cela jusqu’à la révolution.Tous ces remaniements entrepris durant cette période allient donc des éléments de l’époque romane à ceux caractéristiques de l’art gothique à ses débuts. Au XIIIème siècle, l’église est achevée dans sa structure classique de croix latine avec 2 bas côtés
1220 – 1225 : Construction de la nef et du grand portail central. Remise au goût du jour des ouvertures du chœur. A cette période et sous Louis IX l’église aurait reçu le titre d’église paroissiale. Elle fut consacrée vers le milieu de ce siècle.
En 1284 après passées de mains en mains les terres d’Auvers cessent d’appartenir au domaine royal et sont cédées par échanges à l’abbaye de St Denis. Transformations du XIVème au XVIIème siècle
Au XIVème l’église fait l’acquisition de divers œuvres, dont la statue de la Vierge située dans la chapelle sud. (installée plus tard sous le porche sud, face au cimetière d’alors, elle fut abattue et cassée à la révolution, la tête jetée dans l’Oise, le tronc enterré et retrouvé en 1861 dans le cimetière)

Au XVIème entre 1520 et 1545 sous François 1er
Agrandissement de l’abside, chapelle de la Vierge, située au sud du chœur dans le style gothique tardif, avec des éléments décoratifs de la Renaissance. La seconde moitié du XVIéme siècle a été pour la France une période presque aussi désastreuse que la guerre de 100 ans.
1599 sous Henri IV : A la suite de ces guerres, l’abbaye de Saint Denis accablée de créanciers est obligée de se séparer des domaines d’Auvers. Les terres sont vendues à Jean de Berbésy qui loge dans la ferme seigneuriale.

Au XVIIème siècle sous Louis XIII
L’escalier qui conduit à l’église fut aménagé en même temps qu’une enceinte pour renforcer les murailles déjà existantes édifiée à l’origine pour soutenir l’édifice.
A partir de cette époque la dévotion à Marie s’amplifie et les offrandes des pèlerins permettent de doter le trésor de l’église d’objets de culte de valeur et d’oeuvres intéressantes, dont le tableau de la décollation de Jean Baptiste.